Organi Atlantskog saveta su: Generalna skupština, Upravni odbor, Predsednik i Izvšni direktor.
Generalna skupština
Generalnu skupštinu čine:
- svi redovni članovi Saveta;
- svi počasni i pridruženi članovi pozvani od strane Upravnog odbora ili Predsednika, mogu imati savetodavnu ulogu, bez prava na učešće u donošenju odluka.
Skupština donosi Statut, Izmene i dopune Statuta, bira i razrešava Predsednika, bira i razrešava članove Upravnog odbora na osnovu predloga Predsednika, odredjuje visinu članarine, odlučuje o učlanjenju u saveze organizacija, odlučuje o učlanjivanju u medjunarodne organizacije, donosi Finansijski plan raspolaganja sredstvima Saveta, odlučuje o prestanku postojanja Saveta, razmatra finansijsko poslovanje Saveta, donosi Planove i programe rada, razmatra i usvaja godišnji izveštaj o radu i obavlja druge poslove utvrdjene Statutom atlantskog saveta.
Upravni odbor
Upravni odbor ima najviše 13 članova. Stalni članovi Upravnog odbora su Predsednik i Predstavnik organizacije mladih Atlantskog saveta. Upravni odbor se bira na period od tri godine, ali se njegov sastav može menjati na svakoj sednici Generalne skupštine.
Upravni odbor:
- sprovodi odluke Generalne skupštine;
- brine se o materijalnom stanju Atlantskog saveta i pomaže Predsedniku i Generalnom sekretaru;
- odlučuje o formiranju ogranaka – podružnica Atlantskog saveta na teritoriji SCG, koji nemaju svojstvo pravnog lica;
- odlučuje o prijemu novih članova, o prestanku članstva u Atlantskom savetu, kao i o prestanku članstva oduzimanjem istog, shodno odredbama Statuta Atlantskog saveta;
- odlučuje o smanjivanju članarine odredjenim licima;
- bira počasne članove Atlantskog saveta na predlog Predsednika;
- imenuje i razrešava Generalnog sekretara;
- verifikuje izveštaje Predsednika i reguliše poslovni odnos sa njim i Generalnim sekretarom;
- odlučuje o učešću u projektima istraživačkih ustanovama, vladinih i nevladinih organizacija i fondacija, značajnim za ostvarivanje ciljeva Atlantskog saveta;
- obavlja i druge poslove u skladu sa Statutom Atlantskog saveta od značaja za rad Saveta i njegovih organa.
Predsednik
Predsednika Atlantskog saveta bira i razrešava Generalna skupština. Predsednik se bira na period od pet godina.
Predsednik zastupa i predstavlja Atlantski savet pred trećim licima. Ovlašćen je od strane Generalne skupštine da raspolaže sredstvima Atlantskog saveta. Predsednik Atlantskog saveta predlaže planove rada, stara se o realizaciji, koordinaciji i daje neposredne zadatke članovima Saveta radi ostvarenja ciljeva Saveta, saziva i rukovodi radom Upravnog odbora i obavlja druge poslove koje mu poveri Generalna skupština.
Predsednik je odgovoran za svoj rad Generalnoj skupštini Atlantskog saveta u vezi sa zakonitošću rada i raspolaganju sredstvima Saveta.
Izvršni direktor
Izvršnog direktora Saveta imenuje i razrešava Upravni odbor na period od pet godina.
Izvršni direktor rukovodi, imenuje i razrešava zaposlene u Savetu i radi i druge poslove iz nadležnosti Predsednika Saveta, a na osnovu posebnih pismenih ovlašćenja dobijenih od Predsednika Saveta.
Izvršni direktor operativno rukovodi aktivnostima Atlantskog saveta i odgovoran je za svoj rad Upravnom odboru i Predsedniku Saveta.